Desde la Reforma, Holanda estuvo dividida en una zona católica y en otra protestante. Se podría decir que la línea de separación iba del sudoeste al noreste. La zona al norte era protestante, la zona al sur, católica. La comunidad protestante se dividió, a su vez, en una gran multitud de agrupaciones, como los reformados, los contrarreformados y los luteranos. Además, desde el sigo XVII vive en Holanda una comunidad judía que en su mayoría procede de los descendientes de los judíos que huyeron de España y Portugal. También emigraron muchos hugonotes de Francia a Holanda. Más tarde llegaron los hindúes y musulmanes procedentes de las antiguas colonias holandesas Indonesia y Surinám. Debido al flujo de inmigrantes de, entre otros países, Marruecos, Turquía, Indonesia y Surinam, el número de musulmanes ha aumentado considerablemente desde los años sesenta. En la actualidad viven en Holanda unos 570.000 musulmanes, que disponen de 300 mezquitas.

Desde mediados de este siglo, la influencia de las iglesias en Holanda ha disminuido. La tradición de adoptar la fe de los padres va desmoronándose poco a poco. La consiguiente disminución del número de fieles practicantes tuvo lugar primero entre los protestantes, pero más tarde también entre los católicos. Ahora, más de la mitad de los holandeses no está vinculada a ningún tipo de religión. No obstante, las distintas religiones siguen constituyendo un factor importante en el marco social.

En 1848, se recogió en la Constitución Holandesa la libertad de religión. Además, en Holanda existe la separación entre iglesia y Estado. Esto significa que el Estado no interfiere en los asuntos internos de las organizaciones de carácter religioso o ideológico y que éstas, por su lado, no se mezclan en los asuntos del Estado. No obstante, la Administración Pública puede ejercer un papel estimulante al respecto. Para ello, la Ley de Calidad de las Instituciones de Asistencia dispone que los que se dedican a la asistencia se han de esforzar por ofrecer en sus instituciones una atención psíquica que corresponda en lo posible con la religión o ideología de los pacientes.