En 1585, cuando las tropas españolas conquistaron Amberes, el centro mercantil más importante de la Europa occidental que entonces formaba parte de los Países Bajos y hoy en día es una ciudad comercial belga, muchos comerciantes se trasladaron a Amsterdam. En este período, el número de habitantes de la ciudad aumentó rápidamente y se experimentó un crecimiento del comercio. Amsterdam pasa entonces a ocupar definitivamente el lugar de Amberes como centro comercial más importante de Europa, al ver Amberes bloqueada por los rebeldes su salida al mar por la Escalda Occidental. Amsterdam se convierte en la ciudad mercantil más importante de Holanda y de la República de las Siete Provincias Unidas de los Países Bajos, que ven reconocida su independencia definitivamente en la Paz de Westfalia, firmada en 1648. Esta República es sobre todo una nación mercantil, la flota holandesa navega los mares de todo el mundo, y la mayoría del comercio marítimo acaba de llegar a manos amsterdamesas. La prosperidad de la República se debe principalmente a la navegación comercial, especialmente la de naves amsterdamesas, por el Mar Báltico, el Mar Mediterráneo y por ultramar, principalmente con las colonias holandesas conocidas como las Indias Holandesas, actualmente Indonesia. En Amsterdam se establecen también varias empresas y compañías de trasbordo y la ciudad llega a ser el centro de distribución de Europa. Han empezado los años de oro para Amsterdam. Durante un siglo, el Siglo de Oro, Amsterdam domina el comercio mundial.

Basándose en la prosperidad económica adquirida durante este período, Amsterdam se convierte además en un centro cultural. Pintores de fama mundial, como Rembrandt van Rijn, pintan aquí sus mejores lienzos y la arquitectura conoce un esplendor hasta entonces desconocido que aún ahora se puede apreciar. También muchos extranjeros llegan a Amsterdam, entre otras razones debido al ambiente tolerante que existía en los Países Bajos inspirado por motivos económicos. Muchos de ellos, entre los que se encontraban gran cantidad de judíos y protestantes, buscan refugio en la República porque se les perseguía en sus propios países por sus convicciones. Además, la censura en los Países Bajos se aplicaba menos estrictamente que en cualquier otra parte, por lo que Amsterdam se transforma en un centro para escritores, sabios, filósofos, científicos y artistas. Así, los filósofos René Descartes de Francia y John Locke de Gran Bretaña, ponen rumbo a Amsterdam, ya que en sus propios países no se les permite trabajar ni publicar.

El siglo XVIII trae un relativo retroceso del comercio de mercancías, pero Amsterdam sigue siendo el centro financiero de Europa y el centro económico y cultural de los Países Bajos. Sólo después de que las guerras napoleónicas paralicen el comercio marítimo, pierde Amsterdam su destacada posición en el comercio mundial.