A partir de 1588, los Países Bajos forman una República y continúa siéndolo durante los primeros años del llamado Período francés (1795-1813). El país es aliado de Francia bajo el nombre de República Bátava. Sin embargo, en 1806, Napoleón convierte los Países Bajos en un reino y nombra Rey de Holanda a su hermano Luis Bonaparte. También es un deseo de Napoleón que Amsterdam sea la capital de este nuevo reino. En 1808, Luis Bonaparte se instala en Amsterdam y así la ciudad a orillas del Amstel llega a ser por primera vez en su historia, capital y sede del gobierno. Inicialmente, Luis quiso hacer construir un palacio en Amsterdam, pero el empobrecido país no era ya capaz de cargar con los costes porque la economía iba deteriorando enormemente y porque la Corona ya conllevaba costes excepcionalmente altos. Han terminado los tiempos de gloria para Amsterdam. El Rey, presionado por el gobierno de Amsterdam, decide no hacer construir el palacio y hace habilitar como palacio el ayuntamiento, situado en el Dam y construido en los tiempos de esplendor. En 1806, La Haya es promovida a tercera ciudad del reino, con lo que finalmente obtiene derechos propios. Esto es de corta duración, porque en 1810 el Reino de Holanda es anexionado a Francia.

En 1813, cuando Napoleón es derrotado, tres hombres prominentes se reúnen en la Haya para reflexionar acerca de cómo instaurar una nueva autoridad legítima para cuando los franceses desaparezcan de los Países Bajos. Ellos toman el mando, lo que significa que éste se ejerce nuevamente desde La Haya. En 1813, regresa a Holanda como príncipe soberano el hijo del último estatúder, que había abandonado la República en 1795, y se establece en La Haya.