En 1568, se desata una rebelión en contra del Rey de España, Felipe II, que era también señor de los Países Bajos. Uno de los motivos de la rebelión fue la dura represión a las creencias calvinista y protestante, a las que pertenecía una parte cada vez mayor del pueblo holandés y además por la instauración de un régimen estrictamente centralista, lo que afectaba las libertades de la nobleza y las ciudades. Con la Rebelión estalla la guerra de los Ochenta años con España (1568 1648). El mando se pone rápidamente en manos del Príncipe Guillermo de Orange, que había sido estatúder de las provincias de Holanda, Zelanda y Utrecht. Todavía había de pasar un tiempo antes de que la rebelión se extienda, primero hacia las provincias de Holanda y Zelanda y posteriormente hacia la mayor parte de los Países Bajos. Así, inicialmente Amsterdam sigue siendo leal al rey de España, pero en 1578 se une a los sublevados.

La Haya no estaba protegida por murallas y fue repetidamente conquistada y reconquistada, causando enormes daños a la población. En 1577, el Príncipe de Orange decide establecer nuevamente el gobierno en La Haya. A partir de 1585, los Estados Generales que representaban a las provincias rebeldes, establecen su sede definitivamente en La Haya. Esta vez, el pequeño pueblo no debe este privilegio principalmente a los deseos del señor, sino a la competencia entre las distintas ciudades. Visto que La Haya no tenía mayor significación política y social por carecer del privilegio comunal, fue aceptable para todas las ciudades que el gobierno se estableciera allí. Por ser un pueblo, La Haya no podía ser miembro de los Estados Provinciales ni de los Estados Generales. Por eso, las ciudades podían permitirse dejar la sede del gobierno tranquilamente en La Haya, sin temer que la ciudad quisiese acumular el poder para si misma. En este sentido, la historia de La Haya se parece a la de otras capitales tales como Washington DC, Ottawa y Canberra.